El Instituto de Economía busca generar conocimiento mediante investigaciones de alta calidad en base a tres ejes:

a) la explicación de las problemáticas abordadas según  vertientes de pensamiento económico diversas;

b) el relacionamiento con la sociedad y

c) el fomento activo a la formación permanente de estudiantes e investigadores.

Actualmente la investigación se organiza en base a los siguientes equipos: agroindustria, comercio internacional, coyuntura económica, desarrollo, empleo e ingresos e historia económica.

El IECON participa en actividades de enseñanza  de grado y posgrado en la Facultad de Ciencias Económicas y en la Universidad de la República. Sus investigadores trabajan en colaboración con académicos de diversas instituciones nacionales y extranjeras e integran diversas redes nacionales e internacionales.